Namun bermula pada penghujung 2009 , iaitu selepas setahun Jamil menyembunyikan tembelangnya yang sebenar, pelbagai masalah berlaku. Bermula isu Jamil menggunkan kuasa Rektor untuk kepentingan peribadi apabila menggunakan kemudahan KUIN untuk kenduri anaknya di dewan KUIN. Pemasangan karpet dewan disegerakan untuk kenduri anaknya.Mesyuarat kenduri dibuat di KUIN, kakitangan KUIN digunakan untuk kenduri anaknya . Yang bertambah parah ialah mewujudkan anak syarikat yang menjadi punca utama kemelut kewangan KUIN yang kritikal
Pada penghujung 2010 kemelut KUIN mula menjalar kepada pelajar seperti kemudahan, ptptn, yuran yang dinaikkan tanpa makluman kepada pelajar, pembinaan Insann Bestari sehingga berlaku demonstrasi yang dianjurkan mahasiswa sebanyak tiga kali iaitu pada 11.1.11 dan 1.4.11 dan 27.7.11. Jamil berang lantas mengambil tindakan menggantung pengajian kepada 5 orang mahasiswa , namun mereka mengambil tindakan undang-undang di mahkamah, dan MAHASISWA MENANG.
Kini kakitangan pula bangkit dengan isu kebajikan, penyelewengan Jamil, kronisme Jamil, anak-anak syarikat yang melingkupkan KUIN. Lantas pada 3.7.12 giliran kakitangan KUIN mengadakan demonstrasi , namun kali ini agak tegas dengan mendesak JAMIL MELETAK JAWATAN.
Sehari selepas demo MB membuat kenyataan politik yang dianggap nyanyok:
- MB akan terus pertahankan Jamil
- Kenyataan kakitangan KUIN adalah tidak benar
-demo KUIN adalah gimik politik hampir dengan PRU13
- banyak lagi
Kami amat amat mengalu alukan kedatangan KPT kerana sebelum ini apabila KPT datang bertemu dengan top management , banyak perkara dikelentongkan oleh pengurusan tertinggi. Kami akan dedahkan satu persatu bukti penyelewengan Jamil dihadapan KPT kerana MB kata desakan kami tidak benar. Kami akan buktikan dengan pendedahan rasmi dan report rasmi.